引起真菌性肺炎的三种常见病原体为：引起组织胞浆菌病的荚膜组织胞浆菌，说明起球孢子菌病的粗球孢子菌，以及引起芽生菌病的皮炎芽生菌。多数患者仅有轻微症状，并不知道他们已被感染。有些患者则病情严重。引起原发性真菌性肺炎的大多是皮炎芽生菌,荚膜组织胞浆菌或粗球孢子菌,其次是申克孢子丝菌,隐球菌,曲菌或毛霉菌等菌属.真菌性肺炎可能是抗菌治疗的一种合并症,尤见于因病情严重或接受免疫抑制治疗以及患有艾滋病而致防御功能下降的病人。